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Master 1

Responsables

  • Dr. Emmanuel TALLA

Organisation de la première année

Le M1 est organisé autour de trois champs disciplinaires : la Bioinformatique, la Biochimie Structurale et la Génomique se déclinant au travers d’unités d’enseignements (le nombre d’unité associées à chaque domaine est similaire afin de préserver l’équilibre de la formation). Les étudiants personnalisent leur formation en fonction de leur objectif professionnel au travers de leur choix d’unités. Certains se spécialisent dans l’un des trois domaines, alors que d’autres préfèrent acquérir une double compétence en composant un parcours mixte (généralement Bioinformatique/Génomique, Génomique/Biochimie Structurale).

La formation commence par un tronc commun constitué de quatre unités principales (12 crédits) centrées sur la Biochimie structurale, la Bioinformatique et la Génomique. Puis la coloration du M1 est décrite par l'existence de deux parcours principaux: un parcours BiSe, à connotation "Biochimie Structurale", un parcours BiG, à connotation "Bioinformatique et Génomique". Un troisième parcours (BiG-BiSe) permet un panachage complet de l'offre BBSG (soumis cependant à certaines contraintes organisationnelles). Le choix d'un parcours s'effectue au premier semestre par le choix de 18 crédits à choisir à l'intérieur de l'un des deux parcours (BiG ou BiSe) (voir fiche de pré-inscription). Ces choix vont conditionner les unités accessibles au second semestre tout en assurant la cohérence de la formation.

Le maintien de liens étroits avec les autres domaines de la Biologie est encouragé en laissant la possibilité aux étudiants de choisir des unités proposées par d’autres mentions. En fonction de la licence d’origine des étudiants, certains choix peuvent être encouragés (par exemple le renforcement du nombre d’unités de biologie pour les étudiants provenant de chimie, mathématiques, informatique et physique, ou au contraire de mathématiques et d’informatique pour les étudiants issus de licence de Biologie et se destinant à un parcours bioinformatique).

L’orientation vers une spécialité Recherche ou Professionnelle se dessine au second semestre par le choix de l’unité Stage en laboratoire ou de l’unité Projet Informatique appliqué à la Biologie. Le parcours BiG-BiSe disparait pour inciter les étudiants à la spécialisation, tout en permettant encore le choix de modules hors spécialité (jusqu'à 6 ECTS).

Quelque soit la coloration du M1 des étudiants, l’unité Analyse d’articles et présentation en Anglais (6 ECTS) est obligatoire au second semestre afin de familiariser les étudiants avec l’anglais scientifique, tant écrit qu’oral.

Semestre S1

Tronc commun S1 du M1 (12 ECTS/30)

1.1 Concepts et approches de la génomique (3 ECTS)

1.2 Structure et fonction des protéines : mécanismes (3 ECTS)

1.3 Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes (3 ECTS)

1.4 Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes (3 ECTS)

Options : 18 ECTS à choisir à l’intérieur de l’un des trois parcours suivants

Parcours Biochimie Structurale (BiSe)- Lire le contenu des modules

2.1 Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS)

2.2 Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS)

2.3 Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS)

2.4 Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS)

2.5      Module d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB (3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et génomique (BiG)- Lire le contenu des modules

3.1 Initiation à la programmation (3 ECTS)

3.2 Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS)

3.3 Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS)

3.4 Programmation avancée (3 ECTS)

3.5 Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS)

2.4 Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS)

3.7      Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6 ETCS)

Parcours mixte (BiG-BiSe)

18 ECTS pris dans l’ensemble des modules proposés, sous réserve des contraintes calendaires et après validation des équipes pédagogiques.

 


Semestre S2

Tronc commun S2 du M1

4.1 Analyse d’articles en anglais (6 ECTS)

24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants

Parcours Biochimie Structurale (BiSe)

Un module parmi les deux suivants

4.2 Stage d’initiation à la recherche (12 ECTS)

4.3 Consolidation des acquis fondamentaux (12 ECTS)

5.1 Structure et fonction des protéines : assemblages (3 ECTS)

5.2 Structure et fonction des protéines : méthodes avancées (3 ECTS)

5.3 Ingénierie et biologie synthétique (3 ECTS) (module de licence de J. Sturgis)

5.4      Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et Génomique (BiG)

Un module parmi les trois suivants

4.2 Stage d’initiation à la recherche (12 ECTS)

4.3 Consolidation des acquis fondamentaux (12 ECTS)

4.4 Projet informatique lié à la biologie (12 ECTS)

6.1 Programmation web (3 ECTS)

6.2 Bases de données (3 ECTS)

6.3 Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires (3 ECTS)

6.4 Analyse multidimensionnelle des données génomiques (3 ECTS)

6.5 Phylogénie et évolution (3 ECTS)

6.6 Plasticité des génomes (3 ECTS)

6.7      Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)