Analyse multidimensionnelle des données génomiques (3 crédits) (ex-MAB) [Ghattas B.]

Code: SBBBU4BL

Objectif(s): Aborder les principales méthodes mathématiques pour l’analyse et la modélisation de données biologiques.

Volume horaire: 15h de CM - 7h de TD - 8h de TP

Description

Partie I. Processus de Poisson; Chaîne de Markov, modèle de Markov caché; marches aléatoires; algorithmes d'estimation : Forward et Backward, Viterbi; simulations : échantillonneur de Gibbs, Expectation Maximisation, Metropolis Hastings. Partie II. Méthodes factorielles; Analyse en Composantes Principales; Analyse Factorielle des Correspondances; Analyse Discriminante; classifications automatiques hiérarchiques; méthodes non paramétriques, nuées dynamiques, K-means; applications à l'analyse des données d'expression avec logiciels/langages spécialisés. Des Travaux pratiques sont menés en parallèle avec le cours avec le logiciel libre R. Lecture d’articles de Bioinformatique en anglais et présentation orale.

Prérequis

Quelques éléments de mathématiques acquis au niveau L dans les filières de Sciences de la vie, ainsi que l’unité Probabilités et Statistiques (ProbStat, Semestre 1). Capacité à comprendre l'anglais scientifique.