Bioinformatique pour la génomique et la protéomique: méthodes (3 crédits) [van Helden J.]

Code: SBBAU3L

Objectif(s): Conduire une analyse poussée de séquences in silico : organisation des séquences géniques et protéiques, étude phylogénétique, aspect structuraux et mécanismes de régulation transcriptionnelle. 4 TD sur ordinateur de 4 heures chacun couvrant chacun un champ thématique ; séance finale de bilan et de correction des exercices rendus.

Volume horaire: 18h de CM - 12h de TP – 0 de TP

Description

Cette unité vise à approfondir les notions de base sur l'analyse in silico de séquences biologiques, en abordant notamment de manière plus complète: la recherche et la caractérisation de domaines protéiques - la reconstruction phylogénétique - l'analyse et la prédiction de structures protéiques 3D - l'intégration de données génomiques hétérogènes pour la prédiction de fonction. L'accent est mis avant tout sur la pratique; l'objectif est de fournir aux étudiants la maîtrise des outils bioinformatiques permettant une analyse approfondie de séquences biologiques protéiques autour des quatre points évoqués ci-dessus. Elle s'organise donc sous forme de série de 4 TP (4x4 heures) abordant ces thèmes, au cours desquels les étudiants apprennent à manipuler et comparer différents outils, et à interpréter de manière critique les résultats. Chaque TP débute par une introduction théorique aux notions abordées durant la séance et se poursuivent par une partie pratique qui aborde à la fois des exercices d'application simples, mais également la résolution de problèmes plus complets d'une manière semi-autonome.

Prérequis

Notions de base en bioinformatique: banques de données courantes (GenBank, Swissprot, etc...), centres de ressource (NCBI) - Familiarité avec les outils de base de la bioinformatique: BLAST, ClustalW,... - Notions de phylogénie moléculaire.