Description du sujet proposé :

- Unité d’accueil : BIP 09 dans l'UMR7281

- Nom de l’encadrant : Barbara Schoepp-Cothenet

- Courriel de l’encadrant : Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.

- Bref descriptif :
Construire un outil d'analyse de séquence qui permette de :
1/ lister les résidus conservés d'une famille de séquence homologues,
2/ lister parmi eux les résidus communs et les spécifiques de cette famille par rapport à une famille voisine
Plus précisemment, étant donné une famille de séquences pour laquelle des sous-familles ont été prédéterminées, d'afficher les sous-familles séparément et avec leurs résidus conservés (à intégrer à ClustalX ou SeaView éventuellement), puis de pouvoir sélectionner certaines sous-familles (interface à prévoir) pour fournir la liste des positions conservées communes et exclusives entre ces sous-familles puis de pouvoir projeter ces résidus sur une structure 3D.

- Compétences techniques attendues (langage de programmation, outils imposés, etc.) :
* BLAST-suite
* Clustal
* Seaview