PIB6: Analyse semi-automatisée de courbes de force obtenue par pinces optiques
- Unité d’accueil : Laboratoire Adhésion et Inflammation (LAI) Inserm U1067 - CNRS UMR7333
Bât TPR2, 163 avenue de Luminy, 13009 Marseille
- Nom des encadrants : PUECH Pierre-Henri / LIMOZIN Laurent
- Courriel des encadrants : Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. / Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.
- Bref descriptif :
Notre laboratoire est spécialisé dans les études mécaniques à l'échelle de la molécule et de la cellule unique. Nous disposons d'un éventail de techniques de pointe pour exercer et mesurer des forces dans la gamme 1-100 picoNewton sur des objets biologiques. En particulier, nous réalisons des mesures sur des molécules et des cellules uniques en utilisant des pinces optiques et dont le résultat est un nombre important (> 1000) de courbes force vs temps et distance vs temps. L'objet de ce projet sera de rassembler des routines d'analyse et de mesure (disponibles dans la littérature) de ces courbes expérimentales pour en tirer des paramètres caractéristiques de façon semi-automatisée. Le logiciel résultant devra permettre une visualisation et une manipulation rapide des données, tout en étant basé sur une modularité permettant d'ajouter des routines supplémentaires ultérieurement.
- Compétences techniques attendues (langage de programmation, outils imposés, etc.) :
* base code Python, tkinter; labview possible mais travail en opensource sur free software privilégié
* connaissance de Windows et Linux
* logiciel commercial (JPK-DP ) comme modèle; implémentation de routines existantes ou élaborées avec les encadrants
