Stage de bioinformatique

Encadrement : Matthieu Legendre ( Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. ) et Sébastien Santini ( Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. )

Notre laboratoire s’intéresse à la découverte et à l’étude des virus géants. Les particules de ces virus, plus grandes que certains organismes cellulaires, renferment des génomes pouvant atteindre 2 voire 3 Mb, donc plus complexes que celui de certains eucaryotes. Les gènes codés par ces génomes ne ressemblent pour la majorité à rien de connu et posent de nombreuses questions sur leur fonction, sur l’origine de ces virus et sur le rôle qu’ils ont pu jouer dans l’évolution des organismes cellulaires (existants ou disparus).

Nous souhaitons mettre en place un serveur d’analyse de séquences génomiques dédié spécifiquement aux virus géants. L’objectif du stage sera donc d’installer un serveur Blast ainsi qu’une interface web (créée ou modifiée à partir d’outils existants). L’interface devra permettre de donner accès à d’autres outils d’analyse des génomes (genome browser) et aux différentes données « omiques » publiées (génomique, transcriptomique, protéomique).

En parallèle nous proposons d’effectuer une étude bibliographique des virus géants connus actuellement, afin de mettre à jour le site web dédié à cette thématique : http://www.giantvirus.org/