Indication sur la coloration du stage: Bioinformatique

Nom et email de l'encadrant: Pierre Pontarotti (Dr CNRS)
EBM  unité I2M 7373  AMU/CNRS

Résumé

La plupart des auteurs qui étudient l'évolution convergentes pensent à l'apparition de phénotypes similaires dans des lignées évolutives indépendantes (voir pour références Pontarotti et Hue 2016 ). Un des but de ce projet est de montrer que ce phénomène doit être défini de façon plus précise. De nombreuses tentatives ont été réalisées depuis le début du 20ème siècle, mais celles-ci ont amené beaucoup de confusion dans la communauté scientifique , avec par exemple des sous-définitions basées sur les mécanismes génétiques impliqués dans l’évolution du caractère convergent. Pour clarifier cette issue, nous avons proposé deux néologismes qui peuvent être utilisés aux différents niveaux biologiques : évolution isoconvergente et évolution alloconvergente. On identifie l'évolution isoconvergente quand les caractères dérivés convergents ont le même état ancestral, alors que dans le cas de l'évolution alloconvergente, le caractère ancestral est différent. Cette distinction est importante, car dans le cas d'une évolution isoconvergente au niveau phénotypique, on peut suspecter que les mécanismes génétiques sous-jacents soient similaires (Pontarotti et Hue 2016 ). Ces cas pourraient être utilisés comme métamodèles qui permettraient d' identifier des mécanismes biologiques au niveau génétique, épigénétique et transcriptionnel ainsi qu'aux autres niveaux biologiques.
Notre projet est 1) de réanalyser les cas d'évolution convergentes au niveau phénotypique décrits dans la littérature pour sélectionner les cas d'isoconvergences 2) d'établir une stratégie pour identifier les cas d'isoconvergences non décrits 3) de créer une dynamique pour ces études au niveau international en mettant à disposition une base de données qui intègre les différents cas de convergences évolutives avec les différents niveaux biologiques. La base de données utilise une ontologie qui tient compte du fait que ces différents niveaux peuvent tous être liés les uns aux autres. Elle sera être remplie continuellement par les différents partenaires. Le stagiare participera à 1) la réanalyse des cas de la littérature et 2) intégrera ces cas et ceux de nos collaboratieurs dans la base de donnée 3) travaillera sur l'interface de la base de donnée.