Modélisation dynamique de réseaux moléculaires perturbés par des variants génétiques associés au sepsis

Encadrant :

Pascal Rihet et Aitor Gonzalez, TAGC (http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/)

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Type de stage : Bioinformatique

Descriptif du stage : Notre équipe a analysé l’association d’un million de SNPs avec la forme la mortalité due au sepsis dans une cohorte de plus de 1000 patients. Nous avons ainsi identifié 140 SNPs associés avec la mortalité, et des régions chromosomiques contenant entre 1 et 3 gènes. Nos analyses préliminaires indiquent que plusieurs de ces SNPs sont localisés dans des régions régulatrices de gènes impliqués dans la réponse immunitaire, et en particulier dans l’activation des lymphocytes ou leur inhibition. L’objectif du stage sera de prédire l’effet de variants génétiques associés au sepsis sur l’activation de lymphocytes. L’étudiant(e) utilisera et complétera un modèle logique existant de la cascade de signalisation conduisant à l’activation de lymphocytes. La construction et l’analyse du modèle se feront avec l’outil GINsim (http://ginsim.org).