- Unité d'accueil : Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB)

- Nom de l'encadrant : Nicolas Terrapon

- Courriel de l'encadrant : Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.

- Bref descriptif :
Les opérons bactériens encodent des protéines de fonctions moléculaires variées mais toutes impliquées dans un même processus biologique. On observe donc une pression évolutive pour la conservation des opérons dans des espèces proches qui se traduit par une forte conservation de certaines séquences primaires mais pas de l'ordre des gènes, qui devient alors un marqueur du temps d'évolution. L'objectif de ce projet est d'implémenter un programme qui, étant donné des opérons homologues dans plusieurs génomes (listes de gènes et relations d'orthologie donnés), calculera une matrice de distance, en déduira un arbre pour y représenter aux feuilles, en dession vectoriel (SVG), les régions génomiques et leurs réarrangements organisationnels, dans l'esprit de la figure suivante http://www.cell.com/action/showImagesData?pii=S2211-1247%2817%2931339-6

- Compétence techniques attendues (langage de programmation, outils imposés, etc.) :
maitrise d'un langage de programmation (C++ serait un avantage, sinon Python), et notions de langages à balise (SVG lié à XML)