Analyse des cas d'évolution convergentes et parallèles dans le but de mieux comprendre le rôle de la contrainte et de la sélection dans l'histoire de la vie.

Stage de bioinformatique

Proposé par Pierre Pontarotti EBM I2MUMR 7373 FR 4213 - FR Eccorev 3098

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A la fin du 19ème siècle Auguste Weismann proposait la théorie de l'omnipotence de la sélection dans l'histoire des formes de vie présente sur notre planète . Depuis plusieurs hypothèses proposent que la sélection n'est pas si décisive et que la contrainte dans la variation génétique et phénotypique peut biaiser la production des variants et donc limiter le pool de variation sur lequel la sélection peut agir. Le nombre de cas élevés d'homoplasies (traits similaires apparaissant de manière indépendante ) peut être la conséquence de la sélection et des contraintes évolutives.
Afin de réaliser des analyses robustes il est important ici de distinguer les deux cas d'homoplasies .

Dans un cas l'homoplasie est le produit de l'évolution convergente , dans un autre cas celui de l'évolution parallèle. La différence entre les deux est que dans le cas de l'évolution parallèle on part d'un caractère homologue pour arriver à un caractère dérivé (mais homologue) qui présente plus de similitudes qu'attendu dans deux on plusieurs lignées évolutives distinctes. On s'attend en principe que les mécanismes génétiques impliqués dans cette évolution parallèle vont être similaires

Dans le cas de l'évolution convergente le caractère de départ n'est pas homologue , les mécanismes génétiques sous-jacents sont différents. Donc dans le cas de l'évolution parallèle l'impact de la contrainte sera plus important que dans le cas de l'évolution convergente.

Il est donc mandatoire de revisiter et analyser de manière robuste les cas décrits dans le littérature pour établir une base de donnée. A partir de celle ci nous pourrons extraire les cas les plus informatifs, les analyser grâce à une approche phylogénomique et post génomique et ainsi mieux comprendre les mécanismes de l'évolution.

L'étudiant sélectionné aura pour but de revisiter les cas de la littérature grâce à une approche phylogénétique (incluant les networkphylogénétiques) afin de distinguer les cas d'évolutions convergentes et d'évolutions parallèles. Il intégrera ensuite le produit de son analyse dans une base de donnée développée au laboratoire.