- Unités d’accueil : Laboratoire de Chimie Bacterienne (LCB) / Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO)

- Noms des encadrants : Emmanuel Talla / Pascal Hingamp

- Courriel des encadrants : Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. , Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.

- Bref descriptif:

Le serveur Annotathon est un outil pédagogique delevoppé il y a une dizaine d’année (Hingamp et al., 2007) par l’équipe pédagogique de bioinformatique du département de Biologie. Cet outil associe une interface web interactive à une base de données MySQL et des outils accessoires (type parsers). L'objectif est de permettre aux étudiants d’annoter des séquences et de maîtriser l’interprétation des résultats d’outils de recherche d’ORFs, d’alignements de séquences, de recherche de domaines fonctionnels, de reconstructions phylogénétiques, … Le PIB consistera à développer une nouvelle version de l’Annotathon (reprise à zéro en s'appuyant sur un framework de type Laravel) qui en plus d'une interface moderne (responsive, large utilisation de javascript & AJAX) implémentera les différents types d'analyses bioinformatiques à travers une structure de plugins (ce qui permettra de faire évoluer le logiciel facilement en fonction des besoins des enseignants et des étudiants).

- Compétences techniques attendues (langage de programmation, outils imposés, etc.) :

* Un langage de programmation web (PHP ou Ruby ou Python ou Perl)

* Un framework de développement web (par ex Laravel, RoR, Django, Catalyst...)

* Javascript & ajax

* MySQL & JSON

* HTML, CSS

Hingamp P, Brochier C, Talla E, Gautheret D, Thieffry D, Herrmann C (2008) Metagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students. PLoS Biol6(11): e296. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060296