Analyse bioinformatique de données ChIP-seq chez l'homme
Coloration du stage : Bioinformatique
Encadrants :
Résumé :
Le stage sera effectué au laboratoire TAGC, encadré par Benoit Ballester et Jeanne Chèneby doctorante BBSG.
Le stage consistera à réaliser une carte des régions régulatrice transcrites chez l’homme grâce à l’analyse à de données issue du séquençage a haut débit (ChIP-seq). Nous avons mis en place une carte des régions régulatrices chez l’homme (http://tagc.univ-mrs.fr/remap/) et nous voulons identifier celles qui sont potentiellement transcrite par la présence d’ARN Polymérase. Pour cela le stagiaire analysera des données ChIP-seq d’ARN Polymérase sur nos clusters de calculs. Il sera donc formé à l’analyse bioinformatique de ces données.
Reference :
A Griffon, Q Barbier, J Dalino, J van Helden, S Spicuglia, B Ballester, Integrative analysis of public ChIP-seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape, Nucleic acids research, 2015