- Unité d’accueil : Laboratoire de Neurosciences Cognitives. CNRS & AMU

- Nom de l’encadrant : Vincent Hok | Simon Moré

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- Bref descriptif :
Le travail de notre équipe au sein du Laboratoire de Neurosciences Cognitives vise à comprendre les processus cérébraux de la navigation spatiale. Plus précisément, nous cherchons non seulement à comprendre comment l’animal perçoit l’espace et s’y oriente mais aussi comment différentes structures cérébrales impliquées dans ces comportements interagissent entre elles. Ces études portent sur des structures telles que l’hippocampe, plusieurs aires néocorticales (e.g. préfrontal, rétrosplenial, entorhinal) et sous-corticales (thalamus). Notre approche consiste à enregistrer l'activité électrique de neurones individuels chez un animal libre des ses mouvements ce qui permet de mettre en évidence différents types neuronaux aux fonctions complémentaires (e.g. cellules de lieu (hippocampe), cellules de direction de la tête (rétrosplénial), cellules grilles (entorhinal), cellules de bord (thalamus)). Les nombreuses années de recherche au sein de l’équipe nous ont permis de produire un jeu de données d’une très grande richesse, tant du point de vue de la diversité des types neuronaux étudiés que des conditions expérimentales dans lesquelles ces neurones ont été enregistrés. A partir de ces enregistrements électrophysiologiques, nous souhaitons aujourd’hui constituer une base de donnée interactive afin de faciliter et d’optimiser les analyses futures de ces types cellulaires.
Les objectifs de ce projet sont multiples.
    1. Dans un premier temps, il s’agira de convertir les fichiers contenant les enregistrements électrophysiologiques (.uff) en fichiers MATLAB (.mat) contenant les données brutes et des variables de prétraitement communes à tous les enregistrements. Ces étapes de prétraitement sont d’ores et déjà implémentées en MATLAB mais morcelées sur plusieurs scripts. Le travail sera essentiellement de regrouper ces scripts et fonctions dans un script unique et d’uniformiser les variables afin de produire un format de fichier standard (.mat). Cette première étape permettra à l’étudiant de se familiariser avec le langage MATLAB et l’utilisation du calcul matriciel.
    2. Une deuxième étape consistera à uniformiser des scripts de traitement de nos données en PYTHON (les scripts permettant ces analyses sont également disponibles en MATLAB) afin de traiter les fichiers .mat.
    3. Enfin, il s’agira de constituer une base de données interactive permettant de manipuler un certain nombre de valeurs numériques issues des analyses préalablement effectuées. Cette base de données permettra aux chercheurs d’effectuer rapidement une recherche sur la base de certains critères électrophysiologiques en vue de conduire de nouvelles analyses en relation avec de nouvelles questions expérimentales.

- Compétences techniques attendues :
* Python
* MySQL
* connaissances de base en MATLAB seraient un plus