Coloration du stage: Bioinformatique/Génomique fonctionnelle

Laboratoire: CIML Parc Scientifique Luminy-Marseille, http://www.ciml.univ-mrs.fr/science

Equipes: Projet conjoint entre les équipes suivantes :
-Genetic dissection of the function of T cells and dendritic cells. http://www.ciml.univ-mrs.fr/science/lab-bernard-marie-malissen/home
-Dendritic cells and antiviral defense. http://www.ciml.univ-mrs.fr/science/lab-marc-dalod/home

Encadrants: Sandrine Henri : 0491269477, Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.
Thien-Phong Vu Manh : 0491269461, Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.

Contexte:
Ces dernières années, de nombreuses études ont porté sur le rôle du système immunitaire dans la réponse de l’organisme au cancer. L’importance de cette réponse est maintenant clairement établie, en témoigne le succès des nombreuses immunothérapies.
L’objectif du stage est de mieux comprendre le rôle de cellules immunitaires spécifiques : les cellules myéloïdes (macrophages, monocytes et cellules dendritiques). Nous cherchons à déterminer comment l’environnement tumoral modifie leurs principales fonctions.
Modèle d’étude :
Nous nous intéressons à ces questions dans le contexte du mélanome chez la souris. Dans le cadre du projet « Signature myéloide tumorale » nous avons généré deux jeux de données transcriptomiques provenant soit de mélanomes, soit de tissu sain (contrôle).

Les objectifs de ce stage sont :
1- Contrôler la qualité et la compatibilité des jeux de données en utilisant des outils bioinformatiques classiques (packages R/Bioconductor dédiés) disponibles online.
2- Explorer de façon non-supervisée l’ensemble des données (Analyses en Composantes Principales, Clustering Hiérarchique)
3- Extraire et analyser les gènes différentiellement exprimés entre les conditions : cancer / tissu sain.
4- Déterminer quelles sont les fonctions associées à l’expression de ces gènes, (enrichissement de signatures, ingénierie inverse, analyse de séquences promotrices par recherche et découverte de motifs, à l’aide de bases de données d’annotations)

Perspectives:
- Proposer des nouvelles hypothèses qui seront validées expérimentalement dans les modèles murins.
- Identifier des nouvelles cibles thérapeutiques pour améliorer la réponse anti-cancer du système immunitaire.