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biologie.univ-mrs.fr
Lundi 6 septembre 2010
Intervenant

Carl Herrmann
Maître de Conférences

Carl Herrmann
Département de Biologie
Faculté des Sciences de Luminy
Université de la Méditerranée (alias Aix-Marseille II)


Coordonnées
TAGC - U928
Campus de Luminy Case 928

13288 Marseille Cedex 09
Courriel :
Téléphone : 0491828712
Télécopie :
EnseignementRecherche

Thèmes et/ou disciplines :

Équipe Pédagogique :
Bioinformatique-Génomique

Administration et Gestion :



Sujets de recherches :
- réseaux protéiques et inférence de fonctions

- régulation transcriptionnelle et mise en évidence de site de fixation de facteurs de transcriptions

- outils pour les ontologies


Interventions Pédagogiques
DiplomeMention-Parcours UE  Enseignement
 UEL  - - Unités libres BIO30  Programmez votre site web de A à Z 
 Licence  Sciences de la Vie - Tronc Commun [S1-S3] BIO30  Programmez votre site web de A à Z 
TD - Introduction à PHP
[1] Poly de TD [Site web]
[2] Un pense-bête PHP [PDF (Acrobat), 128K]
 UEL  - - Unités libres BIO36  Introduction à la biologie moléculaire 1 
TD - Clonage in silico
[1] Carte plasmide [PDF (Acrobat), 47K]
[2] Description TD [Page Web, 7K]
[3] Programme REBASE [Site web]
[4] Séquence bactériophage lambda [Texte, 49K]
[5] Séquence plasmide [Texte, 3K]
[6] Suite EMBOSS [Site web]
 UEL  - - Unités libres BIO37  Introduction à la biologie moléculaire 2 
CM - Analyse de séquences in-silico
[1] transparents de cours [PDF (Acrobat), 1993K]
TD - Analyse de séquence in-silico
[1] poly de TD [Site web]
 EXT  - - Externe à Luminy --  Interventions Externes à Luminy 
CM - Introduction à la régulation transcriptionnelle
CM - Cours annotation de séquences - BTS AnaBiotech
[1] Poly de cours [application/pdf, 3067K]
[2] Travaux dirigés [text/html, 8K]
 Licence  Sciences de la Vie - Tronc Commun [S1-S3] BIO6  Bioinformatique appliquée 
TD - Bioinformatique appliquée
[1] Correction du TD4 [application/pdf, 323K]
[2] Corrigé du TD2 [application/pdf, 244K]
[3] Corrigé du TD3 [application/pdf, 346K]
[4] QCM3 [application/pdf, 112K]
[5] TD1: navigation dans les banques de données [text/html, 9K]
[6] TD2: comparaison et alignement de séquences [text/html, 11K]
[7] TD3: alignements de séquences et BLAST [text/html, 10K]
[8] TD4: étude in-silico des génomes viraux [text/html, 11K]
[9] TD5: diagnostic viral in-silico [text/html, 11K]
CM - Bioinformatique appliquée
[1] Cours alignements multiples [application/pdf, 1353K]
[2] Cours alignements, dotplot, ... [application/pdf, 2971K]
[3] Cours bases de données [application/pdf, 4224K]
 Licence  Sciences de la Vie - Biologie Cellulaire [S4-S6] BIO7  Bioinformatique: analyse des séquences in silico 
CM - BIO76: Analyse in silico de séquences biologiques
[1] Alignements 2 à 2 - BLAST [application/pdf, 3495K]
[2] Alignements Multiples - Domaines, Motifs [application/pdf, 37999K]
[3] FAQ - Constitution Gr. Etude et Exterieur [application/pdf, 121K]
[4] Introduction [application/pdf, 6856K]
[5] Phylogénie Moléculaire [application/pdf, 16199K]
[6] TD Annotathon [Site web]
 Master  Développement et Immunologie - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
 Master  Microbiologie, Biologie végétale et biotechnologies - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
CM - TD Génomique 1
[1] TD plasticité du génome [application/pdf, 848K]
 Master  Développement et Immunologie - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
 Master  Microbiologie, Biologie végétale et biotechnologies - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
CM - Bioinformatique 1
[1] Cours introductif [PDF (Acrobat), 1364K]
[2] Cours prédiction de structures secondaires (E. Becker) [application/pdf, 2525K]
TD - Bioinformatique 1
[1] fiche1 [application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet, 58K]
[2] TD cis-régulation des amylases [text/html, 14K]
[3] TD motifs protéiques [text/html, 24K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.2.2  Bioinformatique 2 
CM - Bioinformatique 2
[1] Cours cis-régulation [application/pdf, 2098K]
TD - TD cis-régulation
[1] Poly de TD 2008/2009 [application/pdf, 444K]
[2] séquence enhanceur humain [Unknown, 1K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - BBSG - Rech [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Bioinformatique - Pro [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Génomique - Pro [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
CM - Ontologies en biologie
[1] Cours [application/pdf, 1950K]
[2] TD ontologies en biologie [text/html, 12K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - BBSG - Rech [M2] BG3.8  Modélisation dynamique des réseaux biologiques 
TD - Analyse de réseaux biologiques
[1] Cours [application/pdf, 9497K]
[2] Cours [application/pdf, 838K]
[3] Cours [application/pdf, 1056K]
[4] Cours [application/pdf, 1524K]
[5] Cours [application/pdf, 1305K]
[6] Présentation UCSC [application/pdf, 1398K]
[7] TD [text/html, 5K]
[8] TD Matrix-scan et UCSC browser [text/html, 6K]
Serveur BioInteractif! Lundi 6 septembre 2010