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Vendredi 19 décembre 2014
Intervenant

Carl Herrmann
Maître de Conférences

Carl Herrmann
Département de Biologie
Faculté des Sciences de Luminy
Université de la Méditerranée (alias Aix-Marseille II)


Coordonnées
TAGC - U928
Campus de Luminy Case 928

13288 Marseille Cedex 09
Courriel :
Téléphone : 0491828711
Télécopie :
Web : http://biologie.univ-mrs.fr/carlherrmann/home.html
EnseignementRecherche

Thèmes et/ou disciplines :
plein

Équipe Pédagogique :
Bioinformatique-Génomique

Administration et Gestion :



Sujets de recherches :
- réseaux protéiques et inférence de fonctions

- régulation transcriptionnelle et mise en évidence de site de fixation de facteurs de transcriptions

- outils pour les ontologies


Interventions Pédagogiques
DiplomeMention-Parcours UE  Enseignement
 UEL  - - Unités libres BIO30  Programmez votre site web de A à Z 
 Licence  Sciences de la Vie - Tronc Commun [S1-S3] BIO30  Programmez votre site web de A à Z 
TD - Introduction à PHP
[1] Poly cours PHP [application/pdf, 1058K]
[2] Poly de TD 2012 [Site web]
[3] Un pense-bête PHP [application/pdf, 180K]
 UEL  - - Unités libres BIO36  Introduction à la biologie moléculaire 1 
TD - Clonage in silico
[1] Carte plasmide [PDF (Acrobat), 47K]
[2] Description TD [Page Web, 7K]
[3] Programme REBASE [Site web]
[4] Séquence bactériophage lambda [Texte, 49K]
[5] Séquence plasmide [Texte, 3K]
[6] Suite EMBOSS [Site web]
 UEL  - - Unités libres BIO37  Introduction à la biologie moléculaire 2 
CM - Analyse de séquences in-silico
[1] transparents de cours [PDF (Acrobat), 1993K]
TD - Analyse de séquence in-silico
[1] poly de TD [Site web]
 EXT  - - Externe à Luminy --  Interventions Externes à Luminy 
CM - Introduction à la régulation transcriptionnelle
CM - Cours annotation de séquences - BTS AnaBiotech
[1] Poly de cours [application/pdf, 3067K]
[2] Travaux dirigés [text/html, 8K]
CM - Utilisation du Shell Unix
[1] fichier de données [text/csv, 177K]
TD - Bioinformatics of Transcriptional Regulation - LCG/UNAM
 Licence  Sciences de la Vie - Tronc Commun [S1-S3] BIO6  Bioinformatique appliquée 
CM - Bioinformatique appliquée
[1] Cours 1: intro et banques de données biologiques [application/pdf, 3561K]
[2] Cours 2 : comparaisons de séquences [application/pdf, 2155K]
[3] Cours 3: alignement de séquences [application/pdf, 1246K]
[4] Cours 4: Blast [application/pdf, 2156K]
[5] Cours 5: alignements multiples; virus grippaux [application/pdf, 1152K]
TD - Bioinformatique appliquée
[1] correction TD1 [application/pdf, 327K]
[2] correction TD2 [application/pdf, 735K]
[3] correction TD3 [application/pdf, 1236K]
[4] correction TD4 [application/pdf, 323K]
[5] TD1: matrices de substitution [text/html, 10K]
[6] TD2: dotlet, Blast [text/html, 20K]
[7] TD3: Blast, Blastx [text/html, 14K]
[8] TD4: virus grippaux [text/html, 13K]
[9] TD5 : diagnostic viral [text/html, 11K]
 Master  Microbiologie, Biologie végétale et biotechnologies - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
 Master  Développement et Immunologie - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.1.1  Introduction à la Génomique 1 
TD - Génomique 1
[1] TD plasticité des génomes [application/pdf, 655K]
 Master  Microbiologie, Biologie végétale et biotechnologies - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
 Master  Développement et Immunologie - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.2.1  Bioinformatique 1 
CM - Bioinformatique 1
[1] Annales d'examen (décembre 2010) [application/pdf, 141K]
[2] Cours introductif [PDF (Acrobat), 1364K]
[3] Cours prédiction de structures secondaires (E. Becker) [application/pdf, 2525K]
TD - Bioinformatique 1
[1] Article obésité [application/pdf, 679K]
[2] Corrigé des TDs [application/force-download, 2336K]
[3] TD1: motifs protéiques [text/html, 17K]
[4] TD2: intégration de données génomiques [text/html, 14K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Tronc Commun [M1] BG1.2.2  Bioinformatique 2 
CM - Bioinformatique 2
[1] Cours cis-régulation [application/pdf, 2098K]
TD - TD cis-régulation
[1] TD cis-régulation [text/html, 11K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Génomique - Pro [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - BBSG - Rech [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - Bioinformatique - Pro [M2] BG3.6  Génomique fonctionnelle 
CM - Ontologies en biologie
[1] Cours [application/pdf, 3126K]
[2] TD ontologies en biologie [text/html, 13K]
 Master  Bioinformatique, Biochimie Structurale & Génomique - BBSG - Rech [M2] BG3.8  Modélisation dynamique des réseaux biologiques 
TD - Analyse de réseaux biologiques
[1] Chip-Seq: Introduction (D. Puthier) [application/pdf, 2056K]
[2] Cours 1: intro aux séquences régulatrices (J. van Helden) [application/pdf, 9497K]
[3] Cours 2: modèles de séquences (J. van Helden) [application/pdf, 838K]
[4] Cours 3: matrices poids position (J van Helden) [application/pdf, 1056K]
[5] Cours 4: localisation de sites de fixation (J. van Helden) [application/pdf, 1524K]
[6] Cours recherche de modules cis-régulateurs (C. Herrmann) [application/pdf, 7621K]
[7] Présentation du browser UCSC (C. Herrmann) [application/pdf, 1398K]
[8] Protocole d'utilisation de peak-motifs [application/download, 2093K]
[9] Statistics for bioinformatics - Chap 04 - Combinatorix [application/download, 181K]
[10] Statistics for bioinformatics - Chap 07 - Binomial [application/download, 235K]
[11] Statistics for bioinformatics - Chap 10 - Hypergeometric [application/download, 189K]
[12] TD analyse de ChIP-seq (23 janvier 2012) [text/html, 19K]
[13] TD recherche de CRM 2011-2012 [text/html, 14K]
Serveur BioInteractif! Vendredi 19 décembre 2014